Năm 1985, ông được nhà nước Việt Nam truy tặng Huân chương Độc lập hạng Ba. Năm 2006, tác phẩm "Nhật ký Lê Văn Một - thuyền trưởng tàu không số đầu tiên", do Nguyễn Thị Loan - Nguyễn Trọng Xuất chủ biên, được xuất bản để tôn vinh ông. Khu Bến K15 (Đồ Sơn, Hải Phòng), nơi tàu Phương Đông 1 khởi hành chuyến đầu tiên, cũng được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xếp hạng Di tích quốc gia.

Ngày 20 tháng 9 năm 2011, ông được Nhà nước Việt Nam truy tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân.[5]